Перлы, которые унизывали шею женщины в первой цитате — как раз жемчужные нити или ожерелье. Метафорично, по аналогии с жемчугом, перлами называли что-то блестящее, круглое. Например, слёзы:
Томное адажио, одушевленное вкусом, нередко извлекало блестящие перлы из глаз его. [А. И. Клушин. Несчастный М-в (1793)]
Отсюда же перлы дождевые у Тютчева. Поэт сравнил дождь с тонкими, переливающимися жемчужными нитями. О блестящем явно идёт речь и в третьем «непонятном» отрывке, который мы привели вначале. Герой говорит о красоте любимой девушки, о блеске её губ и о её лучистом взгляде.
Значения из словаря В. И. Даля позже расширились, и, как отмечает Т. Ф. Ефремова, перл-жемчужина превратился в синоним сокровищ и драгоценностей в общем. Он тоже стал характеризовать не только неодушевлённые предметы, но и людей. Как раз такой перенос во втором примере в начале текста. Перл русской словесности — уникальный, выдающийся учёный, которого можно считать настоящим сокровищем. Аналогично говорили о поэтах:
Гогенлинден ― перл английской поэзии ― занял первое место в собрании стихотворений Кампбеля. [А. И. Тургенев. Хроника русского (1825-1826)]
Перл в значении «нечто прекрасное, замечательное» часто близок по смыслу к «чему-то светлому». Кто-то, например, луч света в тёмном царстве, а чьи-то качества — блестящие перлы в мрачной истории веков:
Подобные черты великодушия суть блестящие перлы в мрачной истории веков. [Н. М. Карамзин. Письма русского путешественника (1793)]
Это же значение использовалось в ироничном контексте. Вероятно, поэтому слово перл со временем стало обозначать не только блистательные, но и откровенно глупые, ошибочные, возмутительные или бессмысленные «жемчужины» чьей-нибудь речи:
1950 ― 1960-е годы в сфере обыденного сознания прочно ассоциируются прежде всего с перлами Н. С. Хрущева: «кузькина мать», <...>, «мы вас закопаем», «кукуруза ― царица полей»; лозунгами типа «Держись, корова, из штата Айова», словами «космос», «спутник», «хрущевка». [Н. Б. Лебина. Мужчина и женщина Тело, мода, культура. СССР ― оттепель (2014)]
Если Эмиль действительно изрекает подобные перлы, то он, конечно, скотина ― хотя, надо признать, Марго-домашняя абсолютно невыносима. [Дина Рубина. Белая голубка Кордовы (2008-2009)]
Всё с теми же перлами связаны слова пéрловый и перламутровый. Первое прилагательное было относительным: перловое ожерелье — ожерелье из жемчуга. Позже оно превратилось в качественное, то есть стало обозначать не отношение к жемчугу как к материалу, а сходство с ним.
Перловый блеск — блеск, который напоминает блеск жемчуга: «непрозрачный, светлый по тусклому, с цветным отливом». Так блестят зубы, поэтому перлы есть не только уст, но и зубов.
Что касается перло́вой крупы, то о её связи с перлами-жемчужинами говорить трудно. Существует версия, что её назвали так из-за внешнего сходства с речным жемчугом, но на просторах интернета с этой теорией часто спорят, а ни один словарь её не подтверждает.
Слово перламутр тоже этимологически связано с перлом. Оно произошло от немецкого perlmutter, которое состоит из слов perle — «жемчужина» и mutter — «мать». Так называют внутреннюю поверхность раковины речных и морских моллюсков. Правда, раньше это слово писали с буквой «о» и иногда без «р» — перломут(р).
В современном языке у перла появилась ещё пара значений. Так, согласно словарю Т. Ф. Ефремовой, обозначают мелкий типографский шрифт, размер которого равен 5 пунктам, то есть 1,88 миллиметрам. А ещё Perl – это название одного из языков программирования.
Так что с современными перлами всё не так просто. Дождевые они намного реже, чем словесные. А последние, как правило, краткие и ёмкие — без воды. Даже без метафорической.